农业工程学科主要由水利与土木建筑工程学院、机电工程学院、计算机与信息工程学院支撑建设，学科包括农业机械化工程、农业水土工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、农业信息技术5个二级学科，其中农业水土工程学科是国家重点培育学科，农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业水土工程学科均为自治区重点学科。农业工程2016年获批第一批自治区“双一流学科”，2023年再次获批自治区“一流拔尖培育学科”。我院主要建设农业水土工程学科，该学科于1986年获硕士学位授予权，1990年获评校级重点学科，1995年获评自治区重点学科，1998年获得博士学位授予权，2003年获批博士后科研流动站，2007年被批准为国家重点培育学科。农业水土工程学科是自治区第一个工学博士学位授权点，也是国内该学科领域第二个博士学位授权点。

农业水土工程学科现有教师13人，其中博士学位12人，博士生导师4人，硕士生导师7人。有国务院特贴等1人次，自治区杰出人才、草原英才、“新世纪321”人才、高等学校青年科技英才等10人次。拥有高效节水技术装备与水土环境效应内蒙古工程研究中心、内蒙古农业大学海流图高标准灌溉试验站、河套灌区野外试验基地10余个。学科驻河套灌区硕博士流动党支部被评为全国首批研究生样板党支部。

农业水土工程学科瞄准国际学术前沿、国家重大战略和自治区经济社会发展需求，结合“新农科、新工科”建设和一流学科建设，关注农业水资源节约集约利用，重点突破绿色灌排及生态环境效应、中低产田地力提升及盐碱地综合改良、作物高效水肥智慧调控与面源污染防控等关键技术、装备与产品，加速农业水土工程学科高质量发展，以节水-控盐-减污协同调控、智慧灌排水肥一体化为核心，为生态安全屏障和农畜产品生产基地建设提供了科技支撑。

近5年，主持在研或完成国家级科研项目62项，经费6780万元，其中：国家重点研发计划课题3项、专题4项，国家自然科学基金重点项目1项、青年地区面上项目21项。省部级科研项目14项，经费2968万元，其中：自治区重大专项1项、内蒙古杰青1项、内蒙古科技计划重点项目6项、内蒙古自然基金5项。其他项目15项，经费1042万元。发表论文320余篇，其中SCI、EI收录高水平论文140余篇。授权发明专利10项，出版专著教材8部，制定标准8项。获科技奖励11项，其中省级自然科学等一、二等奖6项。