学院始建于1958年，前身是内蒙古农牧学院农田水利系，1990年更名为水利工程系，1999年农林两校合并更名为水利与土木建筑工程学院。学院下设水利工程系、资源环境系、土木工程系、测绘工程系等4个教学系和1个实验教学中心（水利土木工程综合实验中心）。水利土木工程综合实验中心下设5个综合实验室，共23个功能实验室。

学院始终牢记“为党育人、为国育才”使命，把党的领导贯穿办学治院、立德树人全过程。学院为首批全国党建工作标杆院系，驻河套灌区硕博士研究生流动党支部为全国百个研究生样板党支部。学院现有教职工106人，其中教授22人，副教授27人，高级实验师2人。有自治区级教学名师6人，自治区级教坛新秀5人，自治区杰出人才奖获得者1人，新世纪“百千万人才工程”国家级人选1人，教育部新世纪优秀人才支持计划1人，享受政府特殊津贴7人，自治区有突出贡献的中青年专家7人，自治区培养“草原英才”二、三类人选12人。

学院现有农业水利工程、水文与水资源工程、给排水科学与工程、环境工程、水利水电工程、土木工程、测绘工程和智慧水利共8个本科专业，其中，农业水利工程、水文与水资源工程、水利水电工程和测绘工程4个专业国家级一流专业建设点，农业水利工程和水文与水资源工程为国家特色专业建设点，农业水利工程专业入选国家第一批卓越农林人才教育培养“复合应用型”农林人才计划项目试点专业；通过国家工程教育专业认证的专业有水文与水资源工程（2009年、2015年、2018年）、农业水利工程（2014年、2018年）、水利水电工程（2020年）、测绘工程（2020年）；土木工程专业为自治区一流专业建设点，农业水利工程专业为自治区重点建设专业，自治区品牌专业有6个（农业水利工程、水文与水资源工程、土木工程、给排水科学与工程、环境工程和测绘工程）。拥有自治区一流课程1门，自治区一流虚拟仿真实验1个，自治区精品课程9门和自治区教学团队4个。现有在校本科生2195人。

学院各专业培养体现“厚基础、宽领域”和“大众化教育”的目标要求，针对学生生源的层次和对课程的不同需要，将课程平台分级设置，旨在不断建立和实施“大类培养融通化、基础培养规格化、专业培养分流化、分级培养层次化、导向培养精英化”的人才培养模式。除给排水科学与工程和测绘工程专业外，其它各专业学生，经过一年的基础教育，经考核成绩优秀者，可自愿申请转入农业水利工程专业的“复合应用型”卓越农林人才教育培养计划项目试点班单独培养。同时，为培养适应社会需求的复合型人才，鼓励各专业学有余力的学生多方面发展，允许优秀学生从第三学期开始选修攻读主辅修、双学位等专业课程。

学院现有水利工程、农业工程博士后科研流动站2个，水利工程、农业工程一级学科博士学位授权点2个，土木工程一级学科硕士学位授权点1个，土木水利专业硕士学位授权点1个，水利工程、农业工程为自治区一流拔尖培育学科。农业水土工程学科为国家重点（培育）学科，农业水土工程和水文学及水资源学科为自治区重点学科，水工结构工程学科为自治区重点（培育）学科。有教育部创新团队1个，科技部创新团队1个，自治区“草原英才”创新团队、自治区青年科技人才（创新团队）等创新团队10个。有国家定位观测站、自治区重点实验室、国家长期科研基地各1个，自治区级工程技术研究中心4个，水利类综合试验基地1个，研究生实践教学基地26个。现有硕士研究生258人，博士研究生86人，留学生（硕士）9人。

2023年共获批各类项目64项，总经费1.006亿元，其中：纵向项目53项，总经费9398万元，包括：国家自然科学基金项目13项，其中重点联合基金2项、面上基金2项、青年基金2项、地区基金7项；获批国家重点研发计划重点专项项目1项；自治区自然科学基金项目11项，其中面上基金4项；获批内蒙古自治区重点研发和科技成果转化计划3项、课题1项，自治区科技创新重大示范工程课题6项，高校基本科研业务费项目5项。获批高等学校青年科技人才支持项目1项、引进高层次人才科研支持项目4项、高层次及优秀博士人才科研启动项目7项。横向项目11项，总经费662万元。获自治区科技进步二等奖2项，发表论文146篇，其中SCI收录59篇，EI收录23篇；申请专利17项，授权专利软件著作权24项，出版专著6部。