学院有科技部重点领域创新团队“寒旱区水文过程与环境生态效应”、教育部科技创新团队“寒旱区水文过程与环境生态效应”、自治区高等学校“北方旱区农业水资源高效利用与水土环境效应”创新团队、“北方旱区农业节水技术与水土环境效应研究”草原英才工程产业创新人才团队、自治区“农业节水技术与水土环境效应”科技创新团队、“盐渍化灌区水盐运移机理与盐碱障碍生态调控技术”草原英才工程产业创新人才团队、“河湖湿地水环境保护与修复”草原英才工程产业创新人才团队、“水资源高效利用的水文过程及其调控技术”草原英才工程产业创新人才团队、内蒙古生态水文与环境遥感研究与应用创新团队、内蒙古水利生态与农牧业遥感研究与应用创新团队等省部级创新团队，培育“寒旱区生态水工材料与水土环境力学”创新团队，持续开展一流创新团队建设，全面支撑师资队伍建设水平提升，全力服务科学研究工作。